La crisis financiera y operativa del sistema de salud colombiano encendió una nueva alerta nacional luego de que la Contraloría General de la República advirtiera sobre el deterioro progresivo de las EPS intervenidas por la Superintendencia Nacional de Salud (SNS), señalando riesgos graves para la continuidad en la atención médica de millones de usuarios en el país.
La advertencia fue emitida por el contralor general, Carlos Hernán Rodríguez Becerra, en el marco del control concomitante y preventivo que adelanta el organismo frente a las entidades promotoras de salud sometidas a intervención forzosa administrativa. Tras varios meses de seguimiento, la Contraloría concluyó que las medidas adoptadas por la SNS no han logrado estabilizar financieramente a las EPS y, por el contrario, evidencian un aumento de los riesgos sobre los recursos públicos y sobre la prestación de los servicios de salud.
Contraloría advierte deterioro financiero en EPS intervenidas
El informe revela un panorama delicado para varias de las EPS bajo intervención, con impactos directos sobre hospitales, clínicas, proveedores de medicamentos y usuarios del sistema.
Uno de los casos que más preocupa al ente de control corresponde a Nueva EPS, la aseguradora con mayor número de afiliados en Colombia, con cerca de 11,6 millones de usuarios. Según la Contraloría, la entidad no cuenta con estados financieros certificados ni dictaminados correspondientes a 2024 y 2025, situación que impide verificar la confiabilidad de su información contable. Además, fueron detectados faltantes por $4,9 billones en reservas técnicas y otros $13,6 billones en anticipos pendientes de legalización.
El organismo también alertó sobre el incremento acelerado de los niveles de endeudamiento en varias EPS. Savia Salud pasó de un indicador de endeudamiento de 4,41 a 11,73, equivalente a un aumento del 166%, mientras que entidades como Coosalud y Famisanar presentan indicadores de solvencia en niveles críticos y patrimonios negativos por cifras multimillonarias.
En el caso de Famisanar EPS S.A.S., la Contraloría dijo que la entidad pasó de una condición financiera aceptable, con un indicador de 1,00, a un nivel crítico de 4,08 al cierre de 2025. El informe advierte que este comportamiento refleja una acelerada pérdida de estabilidad económica y un incremento significativo del riesgo financiero.
Coosalud EPS también registró un fuerte aumento en sus pasivos, que pasaron de $1,88 billones en octubre de 2024 a $6,34 billones en 2025, incrementando las obligaciones pendientes con hospitales, clínicas y otros acreedores del sistema.
La Contraloría advirtió además que, en la mayoría de las EPS intervenidas, los pasivos crecieron de manera acelerada después de la intervención administrativa ordenada por la Superintendencia Nacional de Salud.
A esto se suma el deterioro patrimonial registrado en entidades como Famisanar, cuyo patrimonio pasó de -$2,1 billones al inicio de la intervención a -$3,3 billones al finalizar 2025.
Retrasos en medicamentos y aumento de tutelas
El informe también expone resultados operacionales negativos en las EPS analizadas, situación que limita la capacidad de garantizar atención médica oportuna y condiciones adecuadas de prestación del servicio. Entre los aspectos más sensibles aparece el incumplimiento en la entrega de medicamentos, una de las principales causas de inconformidad entre los usuarios.
La Contraloría señaló igualmente que el derecho fundamental a la salud continúa comprometido debido al incumplimiento de fallos judiciales por parte de las EPS intervenidas. Ninguna de las ocho entidades bajo medida administrativa alcanza el 100% de cumplimiento de tutelas relacionadas con atención en salud.
El caso más crítico corresponde a Emssanar, entidad que apenas registra un cumplimiento del 4,48% en las tutelas presentadas por usuarios que buscan proteger su acceso a tratamientos, medicamentos y servicios médicos.
Más de dos millones de quejas en el sistema de salud
La inconformidad de los usuarios también quedó reflejada en las cifras oficiales de Peticiones, Quejas y Reclamos (PQR). Durante 2025 se registraron 2.061.661 reclamaciones, lo que representa un incremento del 27,4% frente a 2024.
Nueva EPS concentra el mayor número de casos, con 518.211 reclamaciones, seguida por Salud Total con 276.010 y Sanitas con 265.896. Los principales motivos de queja corresponden a la demora en la asignación de citas médicas y a las fallas en la entrega de medicamentos.
“Existe una amenaza real sobre la continuidad del servicio”
Frente a este panorama, el contralor general Carlos Hernán Rodríguez Becerra aseguró que los hallazgos evidencian serias limitaciones en las acciones de inspección, vigilancia y control adelantadas por la Superintendencia Nacional de Salud.
“La persistencia de estos resultados confirma la ineficacia de las medidas de intervención. Existe una amenaza real sobre la continuidad del servicio y la sostenibilidad financiera de todo el sistema de salud”, afirmó el jefe del organismo de control.
Finalmente, la Contraloría pidió a la Superintendencia Nacional de Salud fortalecer de manera inmediata las medidas correctivas y sustentar técnicamente las decisiones adoptadas durante las intervenciones administrativas, con el fin de evitar un mayor impacto patrimonial y social sobre el sistema de salud colombiano. Además, anunció la realización de una mesa de trabajo con la SNS y las EPS intervenidas para revisar directamente los hallazgos más sensibles identificados por el ente de control.
Más de 2 millones de quejas fueron radicadas en 2025 por fallas en citas médicas y entrega de medicamentos.
